Suite au premier Agenda 21 de Bouaye voté en 2006, un deuxième a été adopté par le Conseil municipal le 31 mars 2011. Celui-ci comprend 28 actions qui ont été déterminées au cours d’une démarche participative : des ateliers citoyens ont réuni 35 personnes entre octobre et novembre 2010 et ont permis de recueillir une centaine de propositions. Les 28 actions retenues seront mises en œuvre entre 2011 et 2015. Ces action s’appuient sur les 5 finalités nationales du développement durable et se répartissent en 8 axes stratégiques : Exemplarité de la commune en matière de développement durable ; Patrimoine naturel et biodiversité ; Transports alternatifs à la voiture ; Urbanisme et énergies renouvelables ; Eaux et déchets ; Economie sociale et solidaire et écocitoyenneté ; Cohésion sociale et démocratie participative ; Communication et évaluation. Un livret expliquant le nouvel Agenda 21 a été distribué aux habitants et les fiches-action sont téléchargeables sur internet.