Le premier Agenda 21 de la Région Franche-Comté, adopté pour la période 2009-2011, constituait une première étape vers l’intégration du développement durable dans la collectivité. A l’issue d’une phase de bilan-évaluation participative, menée avec un panel de citoyens en 2010 et 2011, il a été préconisé de recentrer l’Agenda 21 autour d'un objectif : « préparer les ruptures et changements de trajectoires du territoire ». L’objectif de l’Agenda 21 régional « 2ème génération » est donc de franchir une étape supplémentaire et se doit, d’une part, d’impacter les politiques régionales dès leur conception  en étant au cœur du travail de prospective et des schémas; d’autre part d’éclairer les décisions et de donner du sens à l’action (mode de faire). Adopté en séance plénière le 26 octobre 2012, ce nouvel Agenda 21 est traduit dans un plan d’actions sur 3 ans (2013-2015) organisé autour de 4 axes : l’exemplarité de l’institution ; une vision pour l’avenir avec l’adoption de nouveaux indicateurs de développement ; entraîner les acteurs et démultiplier les initiatives ; réorienter les politiques régionales