L’agenda 21 de la Communauté d’agglomération a été initié en 2001 et signé en 2003. Il regroupe les communes de l’agglomération mulhousienne et associe une quarantaine d’acteurs externes (Chambres Consulaires, Université, entreprises, associations). Il fait suite à la Charte d’Ecologie Urbaine signée par la ville de Mulhouse dès 1992 et d’une suite de contrats signés avec l’ADEME ainsi que de nombreuses démarches environnementales qui ont été mises en pratique dès cette époque (préservation de la qualité de l’eau, recyclage des déchets, épuration, protection des espèces au Parc Zoologique et Botanique, plan vert etc.). Les démarches d'aménagement sont étroitement liées à l'Agenda 21 de la ville. Le Programme de Rénovation Urbaine de Mulhouse est ainsi inscrit au plan d’actions de l’Agenda 21. Les orientations Développement Durable et Renouvellement Urbain sont confortées dans les dispositions des Plans Locaux d’Urbanisme des communes et du Schéma de cohérence territoriale de l’agglomération mulhousienne.